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François ENAULT

Maître de conférences

par DavidB - publié le , mis à jour le

Contact :

UMR CNRS 6023 Microorganismes : Génome et Environnement

Bât. A, 24 avenue des Landais,

63177 Aubière Cedex. France.

Tél : 33 (0)4 73 40 74 71

Fax : 33 (0)4 73 40 76 70

Francois.ENAULT@uca.fr

- Thématique de recherche :

Etude des virus environnementaux par analyse des génomes et des métagénomes

Recherches actuelles

Les virus de l’environnement sont à la fois très nombreux, très diversifiés, et largement méconnus. Au-delà de leur pouvoir pathogène, on leur reconnaît aujourd’hui une influence sur de nombreux aspects fondamentaux.
A partir des métagénomes viraux, mon travail vise à :

  • mieux comprendre le contenu génétiques des particules encapsidées
  • mieux connaître la composition des communautés virales naturelles, dans différents types d’écosystèmes aquatiques, ainsi que les facteurs influençant cette composition.
  • étudier en détail les familles virales majoritaires dans les milieux naturelles, en particulier celles pour lesquelles l’assemblage de génomes entiers est possible

Parcours de recherche

Ma thèse de Bio-informatique (2001-2005), effectué à Marseille au laboratoire CNRS « Information Génomique et Structurale » sous la direction de Jean-Michel Claverie et de Karsten Suhre, a visé à l’amélioration des méthodes d’analyse du contexte génomique. Ces méthodes permettent de déduire des informations sur la fonction éventuelle des protéines à partir de leur conservation dans les génomes procaryotes entièrement séquencés.

Lors de mon post-doctorat réalisé au laboratoire de Génétique Cellulaire de l’INRA de Toulouse avec Thomas Faraut (2006-2007), je me suis intéressé à la représentation des génomes viraux et à la visualisation de leurs alignements multiples afin d’aider à étudier la variabilité de ces virus.

Articles

  • Roux S, Tournayre J, Mahul A, Debroas D, Enault F. (2014)
    Metavir 2 : new tools for viral metagenome comparison and assembled virome analysis.
    BMC Bioinformatics, 15(1):76.
  • Roux S, Krupovic M, Debroas D, Forterre P, Enault F. (2013)
    Assessment of viral community functional potential from viral metagenomes may be hampered by contamination with cellular sequences.
    Open Biol., 11 ;3(12):130160.
  • Roux S, Enault F, Bronner G, Vaulot D, Forterre P, Krupovic M. (2013)
    Chimeric viruses blur the borders between the major groups of eukaryotic single-stranded DNA viruses.
    Nat Commun., 4:2700.
  • Roux S, Krupovic M, Poulet A, Debroas D, Enault F. (2012)
    Evolution and Diversity of the Microviridae Viral Family through a Collection of 81 New Complete Genomes Assembled from Virome Reads.
    PLoS One, 7(7):e40418.
  • Roux S, Enault F, Robin A, Ravet V, Personnic S, Theil S, Colombet J, Sime-Ngando T, Debroas D. (2012)
    Assessing the diversity and specificity of two freshwater viral communities through metagenomics.
    PLoS One, 7(3):e33641.
  • Roux S, Faubladier M, Mahul A, Paulhe N, Bernard A, Debroas D, Enault F. (2011)
    Metavir : a web server dedicated to virome analysis.
    Bioinformatics, 27(21):3074-5.