Nos tutelles

CNRS UCA

Nos partenaires

FRE Recherches en Environnement FEDER

Rechercher




Accueil > Français > Annuaire > Permanents > PETIT-BIDERRE Corinne

Corinne PETIT-BIDERRE

Chargé de recherches CNRS

publié le , mis à jour le

Contact :

UMR CNRS 6023 Microorganismes : Génome et Environnement

Bât. A, 24 avenue des Landais,

63177 Aubière Cedex. France.

Tél : 33 (0)4 73 40 51 39

Fax : 33 (0)4 73 40 76 70

Corinne.PETIT@uca.fr

Thèmes de recherche

- Axe 1 :

Génomique et post-génomique des microorganismes

- Thématique de recherche :

Génomique intégrée des interaction microbiennes

Recherches actuelles

Descriptif des recherches actuelles du chercheur :

Mon travail de recherche s’effectue au sein de l’équipe Génomique Intégrée des Interactions Microbiennes du Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement. Il s’intègre dans différents domaines et à pour finalité l’étude des populations microbiens et de leur capacité métabolique grâce au développement d’outils dits « haut débit » tels que les biopuces ADN phylogénétiques et fonctionnelles.
Plusieurs environnements sont à l’étude. Le premier projet développé a pour objectif de mieux connaître la diversité spécifique et fonctionnelle microbienne (Bacteria et Archaea) dans les zones anoxiques aquatiques pour une meilleure compréhension du fonctionnement d’un écosystème aquatique en relation avec les grands cycles biogéochimiques. Mon travail s’intéresse plus particulièrement aux processus liés à la production et à la consommation de méthane au sein de ces écosystèmes car c‘est un acteur majeur du réchauffement climatique en raison de son pouvoir radiatif puissant et qu’il joue un rôle important dans l’effet de serre. Parallèlement à ce travail, un second projet est mené en collaboration avec l’INRA de Theix de Clermont-Ferrand afin d’élaborer des biopuces ADN permettant de caractériser à la fois l’activité (fonction) et la composition (phylogénie) de la communauté microbienne du rumen soumise à diverses conditions expérimentales. Le travail cible plus particulièrement les Archaea méthanogènes et les microorganismes impliqués dans la dégradation de la biomasse végétale. Bien que le modèle soit différent, le rumen est un écosystème méthanogène où les réactions sont différentes de celles qui se passent dans un système aquatique anoxique. Les problématiques développées sont donc très proches et complémentaires.
Enfin, la dernière partie de mon travail au sein de l’équipe Génomique Intégré des Interactions Microbiennes s’inscrit également dans l’étude des populations des sols pollués avec pour volonté de mettre en évidence les capacités d’adaptation des microorganismes du sol suite à une pollution par des solvants chlorés. Les résultats découlant de ce travail permettront de mettre en place des approches de bioremédiation efficaces.

Parcours de recherche

Descriptif du parcours de recherche du chercheur :

10.2007 : Recrutement CNRS : Chargé de Recherche 1ère classe

Laboratoire : Microorganismes : Génome et Environnement (ex Biologie des Protistes), UMR CNRS 6023, équipe Génomique intégrées des interactions microbiennes, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.

01.2007 –10.2007 : Post-doctorat

Laboratoire : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, équipe Génomique intégrées des interactions microbiennes, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : « Développement de biopuces ADN phylogénétiques et métaboliques, outils haut débit pour l’étude des métabolismes et de la biodiversité présents dans l’ensemble des milieux complexes ».
Responsable : Pr. P. Peyret.
Financement : Bourse de Recherche Technologique (BRT), Région Auvergne
Mots clés : Biopuces ADN (phylogénétique et métabolique), transfert technologique, microorganismes, biodiversité, environnement, dépollution, métabolismes.

06.03.2006 : Habilitation à Diriger des Recherches

Laboratoire : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : « La génomique dans tous ses états : des microorganismes aux plantes supérieures ».
Rapporteurs : JF Dubremetz (CNRS, Montpellier), E Guiderdoni (CIRAD, Montpellier), G Fonty (CNRS, Clermont-Ferrand II)
Examinateurs : F Kunst (Institut Pasteur, Paris), P Perez (Biogemma), P Peyret (Université de Clermont-Ferrand I).

01.2006 –12.2006 : Post-doctorat

Laboratoire : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, équipes « Biodiversité microbienne et fonctionnement des écosystèmes aquatiques » et « Génomique intégrées des interactions microbiennes », Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : « Etude des mécanismes microbiens impliqués dans l’oxydation anaérobie du méthane en milieu aquatique anoxique et implication dans le domaine de la protection de l’environnement ».
Responsables : Dr. G. Fonty et Pr. P Peyret.
Financement : bourse régionale « Prévoir ».
Mots clés : Biopuces ADN (phylogénétique et métabolique), microorganismes, biodiversité, environnement, métabolismes, méthane, gaz à effet de serre.

02.2003 – 07.2004 : Post-doctorat

Laboratoire : Entreprise privée de biotechnologie végétale Biogemma (groupe Limagrain), Campus des Cézeaux, Clermont-Ferrand.
Intitulé : « Développement et Remplissage du Grain : Annotation de la collection de T-DNA et valorisation des FSTs de riz pour la Génomique Fonctionnelle des Céréales »
Responsable : Dr. W. PAUL.
Financement : projet Génoplante Riz (OsCrGF).
Mots clés : Riz, remplissage du grain, génomique fonctionnelle, bio-analyse, ARN inhibiteur, collections de mutants enhancer trap, phénotype.

01.2001 – 07.2002 : Post-doctorat

Laboratoire : Entreprise privée de biotechnologie végétale Biogemma (groupe Limagrain), Campus des Cézeaux, Clermont-Ferrand
Intitulé : « Changing maize grain development to provide lines better adapted to the european agricultural and commercial environment »
Responsable : Dr. P. Perez.
Financement : projet Européen MAZE (consortium FP5).
Mots clés : Maïs, remplissage du grain, génomique fonctionnelle, bio-analyse, collections de mutants d’insertion, phénotype, étude de liaison, transgenèse.

09.1998 – 07.1999 : Post-doctorat

Laboratoire : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, équipe de Parasitologie Moléculaire et Cellulaire, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : Détermination de la séquence complète d’un gène codant pour une protéine kinésine-like d’Encephalitozoon cuniculi dans le but de caractériser son activité biologique.
Responsable : Pr. C. Vivarès.
Mots clés : Biochimie des protéines, expression hétérologue, parasite intracellulaire obligatoire, culture cellulaire.

12.1993 - 03.1997 : Doctorat de Parasitologie à l’Université Droit et Santé de Lille (allocataire MESR).

 : Biologie des Protistes, UMR CNRS 6023, équipe de Parasitologie Moléculaire et Cellulaire, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand II.
Intitulé : « Sur l’organisation du génome de microsporidies de Vertébrés : caryotypes moléculaires, marqueurs chromosomiques et identification de gènes » (mention très honorable avec les félicitations du jury).
Directeur de thèse : Pr. C. Vivarès.

Bibliographie

Ouvrages collectifs

- 2008 : Militon C, Biderre C, Peyret P. New tools for isolation and identification of micro-organisms. Asiatech Publishers, Inc., New Delhi, pp 3-44.

- 2008 : Biderre C, Belkorchia A, Militon C, Polonais V, Wincker P, Jubin C, Delbac F, Peyretaillade E, Peyret P. The microsporidian pathogen Brachiola algerae shows efficient infectious capacities and harbours a complex genome. Parasitol. Int., 57(1):62-71.

- 2008 : Larmande P, Gay C, Lorieux M, Périn C, Bouniol M, Droc G, Sallaud C, Perez P, Barnola I, Biderre-Petit C, Martin J, Morel JB, Johnson AA, Bourgis F, Ghesquière A, Ruiz M, Courtois B, Guiderdoni E.. Oryza Tag Line, a phenotypic mutant database for the Genoplante rice insertion line library. Nucleic Acids Res., 36 (Database issue):D1022-7.

- 2007 : Militon C, Rimour S, Missaoui M, Biderre C, Barra V, Hill D, Moné A, Gagne G, Meier H, Peyretaillade E, Peyret P. PhylArray : Phylogenetic Probe Design Algorithm For MicroArray. Bioinformatics, 23(19):2550-7.

- 2007 : Cao X, Costa LM., Biderre-Petit C., Kbhaya B., Dey N., Perez P., McCarty DR., Gutierrez-Marcos JF., Becraft PW. Abscisic acid and stress signals induce viviparous1 (vp1) expression in maize embryos and phloem cells. Plant Physiology, DOI:10.1104/pp.106.091454.

- 2004 : Gutierrez – Marcos JF, Costa LM, Biderre–Petit C, Khbaya B, Perez P and Dickinson HG. Meg1 is a novel maize endosperm transfer cell-specific gene with a maternal parent-of-origin pattern of expression. Plant Cell, 16, 1288-1301.

- 2004 : Van Gool T, Biderre C, Delbac F, Wentink-Bonnema E, Ron Peek R, Vivarès C. Journal of Infectious Disease, 12, 2243-2249. Serodiagnostic studies in an immunocompetent individual infected with Encephalitozoon cuniculi. Journal of Infectious Disease, 12, 2243-2249.

- 2003 : Bontems F, le Floch P, Duffieux F, Biderre C, Peyret P, Lallemand JY. Homology modeling and calculation of the cobalt cluster charges of the Encephazlitozoon cuniculi methionine aminopeptidase, a potential target for drug design. Biophysical Chemistry, 105(1), 29-43.

- 2000 : Biderre C, Babin F, Vivarès CP. Fatty acid composition of four microsporidian species compared to that of their vertebrate hosts (fishes). Journal of Eukaryotic Microbiology, 47, 7-10.

- 1999 : Biderre C, Canning EU, Méténier G, Vivarès CP. Comparison of two isolates of Encephalitozoon hellem and E. intestinalis (Microspora) by pulsed-field gel electrophoresis. European Journal of Protistology, 35, 194-196.

- 1999 : Biderre C, Mathis A, Deplazes P, Weber R, Méténier G, Vivarès CP. Molecular karyotype diversity in the microsporidian Encephalitozoon cuniculi. Parasitology, 118, 439-445.

- 1998 : Biderre C, Peyretaillade E, Peyret P, Duffieux F, Méténier G, Gouy M, Michot B, Vivarès CP. Microsporidian Encephalitozoon cuniculi, a unicellular eukaryote, with a unusual chromosomal dispersion of ribosomal genes and a LSU rRNA reduced to the universal core. Nucleic Acids Research, 26, 3513-3520.

- 1998 : Biderre C, Méténier G, Vivarès CP. A spliceosomal-type intron occurs in an r-protein gene of the microsporidian Encephalitozoon cuniculi. Molecular and Biochemical Parasitology, 94, 282-286.

- 1997 : Biderre C, Duffieux F, Peyretaillade E, Glaser P, Peyret P, Danchin A, Pagès M, Méténier G, Vivarès CP. Mapping of repetitive and non repetitive DNA probes to chromosomes of the microsporidian Encephalitozoon cuniculi. Gene, 191, 39-45.

- 1996 : Fourmaux MN, Achbarou A, Mercereau-Puijalon O, Biderre C, Briche I, Loyens A, Odberg-Ferragut C, Camus D, Dubremetz JF. The MIC1 microneme protein of Toxoplasma gondii contains a duplicated receptor-like domain and bind to host cell surface. Molecular and Biochemical Parasitology, 83, 201-210.

- 1995 : Biderre C, Pagès M, Méténier G, Canning EU, Vivarès CP. Evidence for the smallest nuclear genome (2.9 Mb) in the microsporidium Encephalitozoon cuniculi. Molecular and Biochemical Parasitology, 74, 229-231.

- 1994 : Biderre C, Pagès M, Méténier G, David D, Bata J, Prensier G, Vivarès CP. On small genome in eukaryotic organisms : molecular karyotype of two microsporidian species (Protozoa) parasites of vertebrates. Comptes Rendus de l’Académie des Sciences de Paris, Sciences de la Vie / Life Sciences, 317, 399-404.