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Le lac comme écosystème modèle

par DidierD - publié le

Notre écosystème modèle pour étudier les communautés microbiennes est l’écosystème lacustre, pour lequel la diversité et la physiologie des microorganismes sont relativement peu étudiées comparativement aux autres écosystèmes. Ainsi les nouvelles techniques permettant d’étudier la diversité et/ou la physiologie des microorganismes n’ont été que rarement appliquées à ces écosystèmes. Nos expériences de métagénomique microbienne et virale font ainsi partie des rares travaux à s’adresser spécifiquement aux écosystèmes lacustres ; les écosystèmes les plus étudiés étant, à ce jour, le milieu marin, les sols, les sédiments et le tube digestif (e.g. DeLong, 2006 Nat Rev Microbiol 3 : 459 ; Riaz et al. 2008 Environ Microbiol 10 : 560 ; Abulencia et al. 2006 Appl Environ Microbiol 72 : 3291 ; Dinsdale et al. 2008 Nature 452 : 629). De même, alors que de nouveaux résultats sur la structure des communautés et l’importance des populations rares ont vu le jour par de nouvelles avancées méthodologiques (pyroséquençage d’amplicons), celles-ci n’ont jamais été conduites dans les lacs. Il est par conséquent difficile de comprendre le fonctionnement d’un écosystème et d’en assurer la gestion en ignorant la diversité et la fonction des principaux agents des cycles biogéochimiques : les microorganismes. D’autre part ces écosystèmes qui peuvent être perçus comme des mésocosmes ou des îlots plus ou moins interconnectés sont de fait des modèles de choix pour étudier les facteurs contrôlant la biodiversité ou les mécanismes de spéciation.