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Viviane.RAVET

Maître de conférences

publié le , mis à jour le

Contact :

UMR CNRS 6023 Microorganismes : Génome et Environnement

Bât. A, 24 avenue des Landais,

63177 Aubière Cedex. France.

Tél : 33 (0)4 73 40 76 41

Fax : 33 (0)4 73 40 76 70

Viviane.RAVET@uca.fr

Thèmes de recherche

Equipe Génomique de l’environnement et bioinformatique

- Thématique de recherche :

Diversité virale

Nos connaissances sur les communautés virales environnementales, potentiellement impliquées dans les flux de gènes, sont encore très limitées, en particulier dans le cas des écosystèmes lacustres et nos études réalisées sur ces écosystèmes peuvent être considérées comme pionnières (Roux et al. 2012 Plos One). Par une approche de métagénomique virale, nous avons tout d’abord établi l’absence d’ADN cellulaires. De la même manière que pour les communautés virales d’autres écosystèmes, la diversité génétique s’est avérée importante et une grande partie des séquences n’ont pu être identifiées. Au niveau génotypique, les analyses phylogénétiques menées sur les familles virales les plus fréquemment trouvées (Circoviridae, Microviridae, Caudovirales) ont toutes montré la présence de clades spécifiques aux virus d’eau douce. Un des clades de Caudovirales, très abondant et sans référence proche (nommé « Far-T4 »), a fait l’objet d’une étude plus détaillée (Roux et al. 2015 Frontiers in Microbiol, projet INSU-EC2CO CAVIAR). Ces virus sont bien représentés dans les lacs et se divisent en différents sous-groupes : « Near T4 », « T4- like-cyanophages » et « Far-T4 » (Dorigo et al. 2004 Appl Environ Microbiol ; Comeau et Krisch, Mol Biol Evol). Une méta-analyse de viromes a permis de définir 5 clades parmi les Far-T4, le clade 2 ne contenant que des séquences issues de milieu marin (Roux et al. 2015 Front Microbiol). D’autre part, une étude de métagénomique virale a été conduite sur des environnements hypersalins (projet FRB Archevir) et a révélé que les populations virales de ces écosystèmes présentaient une remarquable similarité entre elles quelle que soit la distance géographique considérée et que les gradients environnementaux marqués comme la salinité sont un élément structurant majeur pour ces communautés (Roux et al. 2016 Environ Microbiol).

Vésicules membranaires

La spéciation et l’émergence d’écotypes pourraient être, dans le milieu aquatique, la conséquence des transferts de gènes occasionnés lors des infections virales. Cependant les virus ne sont pas les seuls véhicules du transfert de gènes. Parmi ces véhicules sont retrouvés également les GTAs et les vésicules membranaires.
C’est pourquoi je suis porteur d’un projet INSU-EC2CO VAPOTER pour lequel j’ai obtenu un financement en 2018 et 2019 concernant l’évaluation du potentiel des vésicules membranaires dans le transfert de genes.

Publications
- V. RAVET, Y. COURTY, A. DEPEIGES and J.P. DUFAURE (1987).Changes in
epididymal protein synthesis during the sexual cycle of the lizard, Lacerta vivipara. Biol. Reprod., 37, 901-907.
- Y. COURTY, F. MOREL, V. RAVET and J.P. DUFAURE (1989). Molecular cloning of two cDNAs for related secretory proteins in lizard epididymis : gene expression during androgen- induced cell growth and secretion. Mol. Cell. Endocrinol., 62, 55-67
- V. RAVET, A. DEPEIGES, F. MOREL and J.P. DUFAURE (1991). Synthesis and
post-translational modifications of an epididymal androgen dependent protein family. Gen. Comp. Endocrinol., 84, 104-114.
- V. RAVET, N. BLIN, J.L. GUILLAUME, F. PETITJEAN, L. CABANIE and A.D. STROSBERG
(1993). High level functional expression of human 131- adrenergic receptor in baculovirus-infected cells screened by a rapid in situ procedure.J. of Receptor Research, 13:1 -4, 541-558.
- P. BOUCHARD, B. VIGUES, M.H. RUCHAUD and V. RAVET .(1998) The membrane skeleton of Tetrahymena contains immunoanalogs of GFAP the intermediate filament protein expressed in astrocytes and cells of glial origin. Europ. J. Protistol., 34, 138-147.
- P.BOUCHARD, V. RAVET, R. MEINIEL, I. CREVEAUX, A. MEINIEL, A. VELLET and B.VIGUES. (1999) Use of a heterologous monoclonal antibody for cloning and detection of glial fibrillary acidic protein (GFAP) in the bovine ventricular ependyma. Cell and Tissue Res. 298, 207- 216.

- M. DIOGON, B. VIGUES, P. BOUCHARD, V. RAVET. (2000) Evidence for a role of centrin and E6 antigens in clustering of microtubular fibers during morphogenesis of the feeding apparatus in the ciliate Nassula. Biol. Cell. 92(2) 163a
- P. BOUCHARD, J. CHOMILIER, V. RAVET, J.P. MORNON and B. VIGUES. (2001).Molecular characterization of the major membrane skeletal protein in the ciliate Tetrahymena pyriformis suggests n-plication of an early evolutionary intermediate filament protein subdomain. J. Cell Sci. 114, 101-110.
-M. DIOGON, C. HENOU, V. RAVET, P. BOUCHARD and B. VIGUES. (2001). Evidence for regional differences in the dynamics of centrin-based cytoskeletal structures in the polymorphic hymenostome ciliate Tetrahymena paravorax. Europ. J. Protistol. 37, 223-231.

- Sébastien POMEL, Marie DIOGON, Philippe BOUCHARD, Lydie PRADEL, Viviane RAVET, Gérard COFFE and Bernard VIGUES. The membrane skeleton in Paramecium : Molecular characterization of a Novel Epiplasmin Family and Preliminary GFP expression. (2006) Protist, vol.157,61-75.

- Raghida DAMAJ, Geneviève BRICHEUX, Gérard COFFE, Sébastien POMEL, Bernard VIGUES, Viviane RAVET and Philippe BOUCHARD. Cross-study analysis of genomic data defines the ciliate multigenic epiplasmin family : strategies for functional analysis in Paramecium tetraurelia (2009) BMC Evolutionary Biology, 9:125.

- Parveen B, Reveilliez JP, Mary I, Ravet V, Bronner G, Mangot JF, Domaizon I, Debroas D. (2011) Diversity and dynamics of free-living and particle-associated Betaproteobacteria and Actinobacteria in relation to phytoplankton and zooplankton communities. FEMS Microbiology Ecology, 77 : 461-476.
- Parveen B , Mary I, , Vellet A , Ravet V & Debroas D (2012) Temporal dynamics and phylogenetic diversity of free-living and particle-associated Verrucomicrobia communities in relation to environmental variables in a mesotrophic lake. FEMS Microbiol Ecol 83:189–201.
 -Roux S, Enault F, Robin A, Ravet V, Personnic S, Theil S,Colombet J, Sime-Ngando T, Debroas D (2012) Assessing the diversity and specificity of two freshwater viral communities through metagenomics. PLoS One, 7(3):e33641.
 -Parveen B, Ravet V, Djediat C, Mary I, Quiblier C, Debroas D and Jean-François Humbert. (2013) Bacterial communities associated with Microcystis colonies differ from free-living communities living in the same ecosystem. Environmental Microbiology Reports13 JUN 2013, DOI : 10.1111/1758-2229.1207
- Roux S, Enault F, Ravet V, Pereira O and Sullivan MB(2015) Genomic characteristics and environmental distributions of the uncultivated Far-T4 phages. Front. Microbiol. 6:199. doi : 10.3389/fmicb.2015.00199
- Roux S, Enault F, Ravet V, Colombet J, Bettarel Y, Auguet JC, Bouvier T, Lucas-Staat S, Vellet A, Prangishvili D, Forterre P, Debroas D, Sime-Ngando T.(2016) Analysis of metagenomic data reveals common features of halophilic viral communities across continents. Environ Microbiol. ;18(3):889-903. doi : 10.1111/1462-2920.13084. Epub 2015 Dec 10.
- Hennequin C, Ravet V, Robin F. (2018). Plasmids carrying DHA-1 β-lactamases. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2018 Jul ;37(7):1197-1209. doi : 10.1007/s10096-018-3231-9. Epub 2018 Apr 17. Review.