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Accueil > Français > Équipes > Génomique de l’environnement et bioinformatique (MEB) > Propositions de stages, M2R, thèses....

Sujets de thèse 2018

par CecileL - publié le

Directeur de thèse : Cécile Lepère (MCU-HDR)
cecile.lepere@uca.fr

Diversité et rôles écologiques des Opisthosporidia, champignons cryptiques des écosystèmes lacustres

Grâce à l’apport des techniques de séquençage haut débit, la diversité microbienne, ainsi que son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes, est peu à peu dévoilée. De nombreuses espèces eucaryotes affiliées aux branches divergentes et anciennes du règne des champignons ont ainsi été récemment mises en évidence dans les écosystèmes lacustres. La physiologie et la fonction écologique de ces espèces (souvent non cultivées), regroupées sous le nom de DMF (Dark Matter Fungi) sont globalement méconnues. Curieusement, ces espèces de la DMF, plutôt décrites comme parasites d’organismes unicellulaires, sont apparentées aux microsporidies, des parasites connus pour avoir des métazoaires pour hôtes.
L’objectif de cette thèse sera d’étudier la diversité, le rôle écologique et la physiologie de cette DMF et des microsporidies dans les écosystèmes lacustres. Cette étude fera appel à des techniques de génomique, microscopie (hybridation in situ fluorescente et microscopie électronique) et culture cellulaire. Elle s’effectuera en collaboration entre les équipes MEB (microbiologie de l’environnement et bioinformatique) et IHP (interactions hôtes-parasites) du LMGE.

Directeur de thèse : Pr. Didier DEBROAS
didier.debroas@uca.fr

Exploration du rôle fonctionnel des microeucaryotes dans les écosystèmes lacustres par une approche de séquençage haut-débit
Les microorganismes eucaryotes sont des composants clés dans les réseaux trophiques aquatiques. Ils ont un rôle dans la production primaire (micro-algues) ou la régulation des communautés microbiennes par une activité de prédation (e.g. bactérivorie) ou de parasitisme (e.g. chytrids). Or, paradoxalement l’étude fine du rôle de ces microorganismes par des approches de type « omique » n’a été que rarement envisagée contrairement aux bactéries ou Archaea. Pour les organismes non cultivés, les approches de métagénomique ne peuvent être en effet facilement mises en œuvre et, dans ce contexte, l’utilisation de la métatranscriptomique semble être une approche prometteuse comme l’ont mis en évidence les récents travaux obtenus par le consortium TARA-Océan (Carradec et al. 2018). L’objectif de la thèse sera donc de i) déterminer les principales voies métaboliques des microeucaryotes des écosystèmes lacustres et ii) d’établir un catalogue de gènes qui sera la première référence de ce type dans ces écosystèmes. Ce programme de recherche qui s’adresse en priorité à un(e) bioinformaticien(ne) se fera en collaboration étroite avec le Génoscope dans le cadre d’un programme France Génomique.

Directeur de thèse : Corinne Petit (CR1 CNRS, HDR) corinne.petit@uca.fr

Etude du rôle écologique du chlore dans le fonctionnement des écosystèmes lacustres naturels.

Le chlore est l’halogène le plus abondant dans la Nature. Bien que longtemps considéré non réactif dans l’environnement, cet élément est aujourd’hui connu pour intervenir dans un cycle biogéochimique complexe dans lequel les microorganismes jouent un rôle prépondérant. Aujourd’hui plusieurs milliers de composés chlorés d’origine naturelle ont été caractérisés. Cependant malgré un intérêt croissant pour le cycle du chlore depuis les années 2000, la biogéochimie de cet élément et son rôle écologique notamment dans les écosystèmes naturels restent mal compris.
L’objectif de ce projet est de fournir des informations détaillées de ce cycle dans un système continental (un lac et son bassin versant) préservé des activités humaines. Une partie des recherches envisagées portera sur l’étude de l’abondance, de la diversité, de la distribution et de l’activité des microorganismes impliqués dans les différentes étapes de ce cycle notamment par des approches moléculaires (séquençage haut débit, métagénomique, transcriptomique, qPCR, RT-qPCR). Des approches culturales seront également développées pour isoler les microorganismes d’intérêt. En parallèle des données chimiques seront collectées afin d’estimer les stocks et flux de chlore organique et inorganique au sein de l’écosystème.

Pour candidater : http://edsvs.univ-bpclermont.fr/