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CHAUVET Marina

par CecileL - publié le

Contact :

Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement

UMR CNRS 6023

Bât. A, 24 avenue des Landais,

63177 Aubière Cedex. France.

Tél : 33 (0)4 73 40 51 39

Fax : 33 (0)4 73 40 76 70

Courriel : marina.chauvet@uca.fr


TRAVAUX DE RECHERCHE

Diversité et rôles écologiques des Opisthosporidia, champignons cryptiques des écosystèmes lacustres

Les champignons sont des organismes ubiquistes jouant un rôle crucial dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Dans ces milieux, ils peuvent participer à la décomposition de la matière organique ou parasiter des organismes situés à tous les niveaux de la chaine trophique (phytoplancton, zooplancton, vertébrés planctonophages). L’étude de leurs rôles écologiques est donc essentielle à la compréhension du fonctionnement des écosystèmes aquatiques, notamment lacustres.
L’histoire évolutive de cette lignée eucaryote a récemment été révisée, puisque les données moléculaires ont placé 3 nouveaux phyla, regroupés dans un super-phylum appelé Opisthosporidia (Aphelida, Cryptomycota et Microsporidia) à la base de la phylogénie des champignons. La plupart des champignons retrouvés au niveau de ces branches divergentes les plus anciennes font partis de la DMF (Dark Matter Fungi), terme qualifiant les champignons dont on connait mal la physiologie et la fonction écologique et qui sont souvent non cultivés. En effet, les Aphelida et Cryptomycota semblent être des parasites intracellulaires d’eucaryotes unicellulaires (algues diatomées, oomycètes) dont le cycle exact et les hôtes sont très largement méconnus du fait qu’ils aient été essentiellement décrits sur la base de séquences environnementales obtenues lors d’études de métabarcoding. A l’inverse, les microsporidies sont rarement retrouvées dans les études de métabarcoding, puisque les amorces classiquement employées pour ces études ne permettent pas de les détecter. Ces eucaryotes ainsi que leur cycle ont très largement été décrits suite à la recherche d’agents infectieux chez diverses espèces de métazoaires ciblées. Nous avons récemment entrepris une étude de métabarcoding visant à caractériser la diversité des microsporidies dans les environnements lacustres et mis en évidence de nombreux groupes qui ne sont apparentés à aucune espèce connue, et dont certains pourraient être inféodés à des protistes puisqu’essentiellement retrouvés dans des échantillons inférieurs à 150 µm. Le rôle écologique des microsporidies (et en particulier des nouveaux groupes que nous avons identifiés) dans les environnements et plus précisément leur impact sur les communautés situées à la base du réseau trophique reste à être étudié.

Ce projet s’articule autour de plusieurs questions :

Quels sont les hôtes des Aphelida, des Cryptomycota et des nouveaux groupes de microsporidies récemment identifiés ?
Ces microsporidies infectent-elles des hôtes unicellulaires ?

Les organismes appartenant aux Opisthosporidia participent ils à la dynamique spatio-temporelle des communautés planctoniques dans les lacs ?

Cette étude fera appel à des techniques de génomique, microscopie (hybridation in situ fluorescente et microscopie électronique) et culture cellulaire