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CHAUVET Marina

par CecileL - publié le , mis à jour le

Contact :

LMGE
Campus Universitaire des Cézeaux
1 Impasse Amélie Murat
TSA 60026
CS 60026
63178 AUBIERE CEDEX

Bureau 058, RDC

Tél : 33 (0)4 73 40 76 41

Courriel : marina.chauvet@uca.fr



TRAVAUX DE RECHERCHE

Diversité et rôles écologiques des Opisthosporidia, champignons cryptiques des écosystèmes lacustres

Les champignons sont des organismes ubiquistes jouant un rôle crucial dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, dans lesquels ils peuvent participer à la décomposition de la matière organique ou parasiter des organismes situés à différents niveaux de la chaîne trophique. L’étude de leurs rôles écologiques est donc essentielle à la compréhension du fonctionnement des écosystèmes aquatiques.
Les données moléculaires ont placé trois nouveaux phyla : Aphelida, Cryptomycota et Microsporidia (regroupés dans un super-phylum appelé Opisthosporidia) à la base de la phylogénie des champignons. La plupart des champignons retrouvés au niveau de ces branches divergentes les plus anciennes font partis de la DMF (Dark Matter Fungi), terme qualifiant les champignons dont on connaît mal la physiologie et la fonction écologique et qui sont souvent non cultivés. Les Aphelida et les Cryptomycota ont été décrits sur la base de séquences environnementales obtenues lors d’études de métabarcoding, mais leurs cycles exacts et leurs hôtes sont très largement méconnus. A l’inverse, les microsporidies sont rarement retrouvées dans les études de métabarcoding. Ces eucaryotes ainsi que leur cycle ont été décrits suite à la recherche d’agents infectieux chez diverses espèces de métazoaires ciblées. Cependant, leur rôle écologique dans les écosystèmes aquatiques, et plus précisément leur impact sur les communautés à la base des réseaux trophiques, reste à être étudié. Une récente étude de métabarcoding initiée au LMGE a révélé une large diversité de microsporidies et de nombreux groupes qui ne sont apparentés à aucune espèce connue dans des échantillons lacustres inférieurs à 150 µm.
Cette thèse aura donc pour but d’étudier la diversité des microsporidies (et plus généralement des Opisthosporidia) et d’identifier leurs hôtes, afin d’approfondir nos connaissances sur leur rôle dans les écosystèmes lacustres. Ces travaux feront appel à des techniques de génomique et de microscopie (i.e. Fluorescence in situ hybridization).