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Contexte scientifique

publié le , mis à jour le

L’objectif de l’écologie des communautés est de comprendre la structuration des assemblages, leurs changements dans le temps et dans l’espace et leurs interactions fonctionnelles. La communauté microbienne est ainsi vue comme un supra-organisme composé de populations qui interagissent dans un micro-environnement théoriquement homogène ; le métagénome peut ainsi être considéré comme une propriété de cette communauté (Konopka, 2009, ISMEJ, 1). Or, l’étude des communautés microbiennes comporte des spécificités propres comme la définition de l’espèce ou l’existence de micro-environnements. D’autre part, le fait que peu de microorganismes puissent être mis en culture fait que la caractérisation de la relation structure-fonction à l’échelle d’un organisme, connu souvent uniquement par la séquence codant pour l’ARNr 16S ou 18S, reste un défi méthodologique. D’autre part, il a été démontré que des environnements considérés souvent comme homogènes pouvaient être vus comme un ensemble de micro-environnements aux propriétés physicochimiques différentes et hébergeant des communautés microbiennes spécifiques (Azam et Malfatti, 2007, Nature Rev 5 : 782). En prenant en compte ces patches, Hunt et al (2008, Science 320 : 1081), en milieu marin, ont mis en évidence une spéciation sympatrique. A ce type de spéciation pourrait s’ajouter la spéciation allopatrique, qui fait toujours débat, qui dépend des capacités de dispersion des organismes étudiés et de la connectivité de ces communautés. Cette dynamique de la biodiversité microbienne à l’échelle des écosystèmes est conceptualisée dans le cadre théorique de la métacommunauté (Logue et Lindström, 2008, Freshwater Rev 1 : 99). Enfin, longtemps ignorés dans le cadre des métacommunautés, les aspects de dynamique spatiale ne peuvent être disjoints de la dynamique évolutive engendrée par la dispersion (e.g. coévolution) (Urban et al. 2008, ), d’autant plus importante que ces communautés ont des temps de génération très courts. Nos travaux intègrent ces différents aspects et se situent dans le champ de la dynamique des communautés en combinant les différentes échelles spatiales et historiques. Nous nous intéressons plus particulièrement à i) la structure et l’évolution des communautés microbiennes
ii) leur potentiel génétique