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Contexte scientifique

publié le , mis à jour le

L’objectif de l’écologie des communautés est de comprendre la structuration des assemblages, leurs changements dans le temps et dans l’espace et leurs interactions fonctionnelles. La communauté microbienne est ainsi vue comme un supra-organisme composé de populations qui interagissent dans un environnement théoriquement homogène ; le métagénome peut ainsi être considéré comme une propriété de cette communauté (Konopka 2009 ISMEJ). Or, l’étude des communautés microbiennes comporte des spécificités propres comme la définition de l’espèce ou l’existence de micro-environnements. D’autre part, le fait que peu de microorganismes puissent être mis en culture fait que la caractérisation de la relation structure-fonction à l’échelle d’un organisme, connu souvent uniquement par la séquence de la petite sous unité de l’ARNr, reste un défi méthodologique. Les microbiologistes se retrouvent donc face à un problème qui peut être assimilé à celui des astrophysiciens confrontés à la caractérisation de la matière sombre (Rinke et al. 2013 Nature). En effet, comme ces derniers déduisent l’existence d’une grande quantité de masse non encore détectée dans l’univers par des approches indirectes, les microbiologistes ne font qu’entrevoir l’extraordinaire diversité microbienne à partir de techniques moléculaires indirectes (étude de marqueurs phylogénétiques). Enfin, longtemps ignorés dans le cadre des métacommunautés, les aspects de dynamique spatiale ne peuvent être disjoints de la dynamique évolutive engendrée par la dispersion (e.g. coévolution) (Urban et al. 2008 Trends in Ecology & Evolution), d’autant plus importante que ces communautés ont des temps de génération très courts. Nos travaux intègrent ces différents aspects et se situent dans le champ de la dynamique des communautés en combinant les différentes échelles spatiales et historiques.